Когда в чайном доме Киото зверски убит самурай, у мастера ниндзя Хиро Хаттори есть три дня на то, чтобы найти убийцу. В противном случае движимый местью сын мертвого самурая убьет прекрасную гейшу, обвиненную в убийстве, и отца Матео – иезуитского священника, которого Хиро поклялся защищать ценой своей жизни. Расследование приводит Хиро и отца Матео в опасные воды плавучего мира Киото, где они быстро усваивают, что у всех, от владелицы чайного дома до обесчещенного брата убитого, есть своя причина, по которой им хотелось бы сохранить все в тайне.