Последние приготовления к серийному выпуску «Фридриха» начались в августе 1940 года. Тогда на Me 109F-0 W.Nr. 5602 установили новое крыло и двигатель DB 601E, превратив машину в прототип Me 109F-4. Одновременно, самолет Me 109F-0 (W.Nr. 5604, VK+AB) с двигателем DB 601A был выбран в качестве прототипа всей серии Me 109F.
Машину доставили в Рехлин для государственных испытаний в августе 1940 года. Первым в серию направили вариант Me 109F-1, прототипом которого стал Me 109F-0 W.Nr. 5603 с двигателем DB 601N. Машина проходила испытания в Рехлине до середины июля. Первенство F-1 вовсе не следовало из номера варианта, а объяснялось так и не преодоленной нехваткой двигателей DB 601E. Также не хватало пулеметов MG 151/ 15, выпуск которых еще только осваивали. Поэтому самолеты F-1 представляли собой промежуточную модель, которую планировалось выпустить небольшой серией, чтобы боевые части смогли как можно быстрее начать осваивать новый самолет, а заводы получили время для освоения новой модели.
После того, как испытания в Рехлине завершились успешно, машину направили в серийное производство, которое было развернуто в конце сентября на заводе Messerschmitt в Регенсбурге. В октябре, одновременно с прибытием первой партии пулеметов MG 151/15 начался выпуск и легкого варианта истребителя — F-2. В ноябре к сборке F-2 приступила фирма AGO, a F-1 освоили на заводе WNF. Всего к весне 1941 года заводы Мессершмитта в Регенсбурге и Аугсбурге собрали 157 самолетов, в том числе 19 F-0 и 138 F-1. Примерно в то же самое время (с ноября 1940 по январь 1941 года) фирма WNF выпустила 49 из запланированных 50 F01, после чего приступила к выпуску F-2. У F-1 и первых F-2, выпущенных фирмой WNF, был характерный воздухозаборник карбюратора. Несмотря на то, что выпуск F-1 в 1941 году не планировался, из-за задержек при развертывании производства, выпуск этого варианта продолжался. Два последних F-1 были собраны в июне и июле. Таким образом число построенных машин достигло 206.
Несмотря на то, что до весны 1941 года было собрано в общей сложности 226 Me 109F (из 610 заказанных), результаты были признаны неудовлетворительными. Недовольство вызывало не столько малое число самолетов, сколько большое количество рекламаций. Много нареканий вызывала система смазки и шасси. Это затрудняло эксплуатацию самолета и увеличивало аварийность. В результате боевое применение «Фридрихов» в данный период было минимальным.
Одной из причин сложившейся ситуации было время года. Из-за плохой погоды не было возможным облетывать самолеты и без задержек доставлять их в боевые части. Однако недостатки машин удалось очень быстро устранить, и уже поздние самолеты F-2 стали гораздо надежнее.
Выпуск Me 109F-3 начался в октябре 1940 года на заводах Мессершмитта в Регенсбурге и, вероятно, WNF в Вене. Это был наименее удачный вариант «Фридриха», поэтому его выпустили самой малочисленной серией. Причем на выпуск этих самолетов пошли только для того, чтобы не допускать простоев. Есть большая вероятность того, что все 15 собранных машин позднее привели к стандарту других вариантов. В качестве примера можно привести Me 109F-3 W.Nr. 5004 из разведывательной эскадрильи 4.(Н)/12, потерянный в районе Фука, Северная Африка, 10 июля 1942 года. Если предположить, что ошибочно серийный номер 5004 указан вместо 5604 (В блоках серийных номеров, выделенных для «Фридриха», нет номеров 5000… Только самолеты серии F-0 имели серийные номера, начинающиеся с 5600… Кроме того, у самолетов серии Е-3, выпускавшихся в 1940 году, серийные номера также не находятся в диапазоне 5000… или 5600…), то получается, что этот самолет представляет собой прототип F-0, переделанный в F-3, а затем попавший в боевую часть.
В январе и феврале 1941 года еще два завода приступили к серийному выпуску самолетов F-2. Два первых F-2 собрали в последние дни декабря 1940 года, а выпуск продолжался до сентября 1941 года. Тем временем, в мае 1941 года с конвейера сошли первые F-4, выпуск которых продолжался до середины 1942 года. Всего до июня 1942 года собрали около 3450 «Фридрихов», из которых 1841 Me 109F-4 и 1380 Me 109F-2.
Ряд новых Me 109у покрытых защитной краской RLM 02у весна 1941 года. Два первых самолета Me 109F, остальные — Me 109Е-7.
Варианты отличались друг от друга двигателями и вооружением. На F-2 стоял мотор DB 601N и пушка MG 151/15, в то время как на F-4 стоял двигатель DB 601E и новейшая пушка Rheinmetall-Borsig MG 151/20. Эта, последняя, пушка была лучшей пушкой для самолетов. В отличие от MG FF/M новая пушка имела длинный ствол и отличалась повышенной надежностью. Пушка имела ленточное питание, а ее скорострельность достигала 800 выстрелов в минуту. Фронтовые испытания показали, что новое вооружение эффективно поражает не только воздушные, но и легкобронированные наземные цели.
Кроме четырех описанных выше вариантов, отдельные производственные серии также различались между собой. Прежде всего, особенностью поздних машин стало усиленное хвостовое оперение, что позволило отказаться от наружных накладок. Это нововведение появилось в тот момент, когда заканчивался выпуск истребителей F-2 и разворачивался выпуск варианта F-4. Летом 1941 года модифицировали воздухозаборник карбюратора у F-4, сделав его совместимым с тропическим воздушным фильтром. Прототип Me 109F-4/trop, имевший ряд конструктивных особенностей, поднялся в воздух в конце июня — начале июля 1941 года. В августе 1941 года фирма Erla освоила серийный выпуск тропического варианта самолета. Такая спешка объяснялась острой нехваткой тропической истребителей. Едва стало известно о том, что начался выпуск тропической модификации «мессера», заказы на тропические истребители не поступали разве что из-за Полярного круга. На худой конец требовали комплекты воздушных фильтров, которые можно было установить на самолеты в условиях полевых мастерских. Уже в середине июня поступил заказ на комплекты фильтров для «мессеров» из Luftflotte 2, а также для Me 109F-4/trop из II/JG 54. Спустя месяц фильтры заказало командование Luftflotte 5 (для 20 Me 109T) и Luftflotte 4 (в общей сложности 320 комплектов). Однако все заказы остались без ответа, так как в распоряжении RLM в июне 1941 года имелось всего 220 комплектов для «Эмилей», причем установить фильтры можно было только в заводских условиях. До конца июля 1941 года было готово 60 тропических комплектов для «Фридрихов-4». За это время число заказанных комплектов для Me 109F/trop уже достигло 680.
Третьей особенностью, различающей старые и новые серии «Фридрихов», был винт. На машинах F-2 и F-4 использовали винты двух типов: VDM 9-12010A с узкими лопастями (эти винты ставили главным образом на F-2) и VDM 9-12087А с широкими лопастями (на F-4). Винт с широкими лопастями сначала ставили на самолеты, оснащенные ускорителем GM 1, а затем этот винт стал стандартным для всех «Фридрихов-4».
Новый истребитель выпускали в нескольких стандартных комплектациях, причем на F-4 использовались разные модификационные комплекты Ruestzatz. Среди вариантов можно назвать R5 — пилон для подвесного бака, R1 — два пулемета MG 151/15 в гондолах под крыльями (в этой конфигурации выпустили 240 машин), R7 — две пушки MG 151/20 в гондолах под крыльями, R2-R4 — три разведывательных модификации оснащенных разной фотоаппаратурой и без радиостанции, R8 — еще одна разведывательная модификация, оснащенная рацией (серия 43 машины). Эти варианты выпускались в конце 1941 — начале 1942 года, после того, как линейные части были в целом насыщены стандартными истребителями. Самолеты модификаций «R» выпускались на базе Me 109F-4/Z. Разведчики R2 оснащались фотокамерами Rb 20x30, R3 — Rb 50x30, R4 — Rb 75x30, a R8 — Rb 50x30. Кроме того, существовали истребители-бомбардировщики, оборудованные пилоном ETC 500XIb или ETC 50VIIId. Эти самолеты на практике обозначали как F-4/B.
Интерес представляет попытка вооружить «Фридриха-4» сразу 3 20-мм пушками MG 151/20, из которых две располагались в гондолах под крыльями. Работы над пушечным истребителем начались осенью 1941 года и завершились летом следующего года. Уже в начале весны 1942 года в Тарневиц доставили Me 109F-4 W.Nr. 7449, изготовленного фирмой WNF. Гондолы с пушками доставили в Тарневиц по железной дороге. Вооружение установили на самолет в E-Stelle и пристреляли на земле. Сразу же выявились серьезные недостатки трехпушечной схемы вооружения. Пришлось снять пушки, внести в их схему определенные изменения и снова установить их на самолет. Первые стрельбы в полете провели 24 марта 1942 года. Затем провели еще около 60 вылетов, в ходе которых было определено, что эффективность вооружения увеличилась не на много. Самолет вернули изготовителю в сопровождении целого перечня отмеченных недостатков. Тем временем, в начале мая 1942 года на полигон доставили четыре следующих Me 109F-4 выпущенных фирмой WNF. Испытания машин провели в первых числах мая. Было совершено 27 вылетов, практически каждый раз оружие отказывало. Левая пушка заклинивала 16 раз, в том числе 6 раз не произведя и сотни выстрелов. Правая пушка отказывала 17 раз, в том числе 5 раз не произведя и 100 выстрелов. После испытаний машины также вернули на завод, сопроводив их списком отмеченных недостатков. 11–16 мая тремя пушками вооружили четыре фронтовых истребителя, которые были переданы в I./JG 52. В дивизионе сформировали специальный отряд (Kommando) с лейтенантом Рюттгером во главе. Отряд отправился в Тарневиц, где испытал самолеты на земле, а одна машина участвовала в воздушных стрельбах. Все работало нормально, и звено отправили в расположение своей части на Восточный фронт.