Командиров лодок проинформировали о начале войны 1 сентября 1939 г. С 1 сентября командирам дозволялось атаковать корабли и суда Франции и Англии, но с соблюдением международных договоренностей, то есть — всплывать и говорить: «Не будете ли вы гак любезны досточтимый сэр или месье…» Цивилизованный, общечеловеческий закон совершенно не учитывал технических инноваций, в частности развития радиосвязи. Досточтимый сэр или месье получали массу времени для передачи по радио всей необходимой информации. Дениц потребовал от своих людей строго соблюдать международные договоренности.
Тем не менее, Дениц дал волю нескольким молодым и очень злобным командирам, отправив их У-боты в открытый океан. 3 сентября 1939 г., всего через три часа после объявления Францией и Великобританией войны Германии, командир U-30 лейтенант Ф. Лемп обнаружил в перископ британский лайнер «Атения» водоизмещением 13 581 т. Лемп принял лайнер за вооруженный вспомогательный крейсер и влепил ему в правый борт торпеду. Взрыв прогремел в 21 ч 42 мин. Через несколько часов лайнер затонул. Германские подводные пираты открыли свой боевой счет во Второй мировой войне.
Потопление «Атении» вызвал крайне негативную реакцию во всех странах Свободного мира. Лемп же виновным себя не признавал — он вышел в атаку на вспомогательный крейсер и не был обязан уведомлять команду корабля об атаке. Споры об «Атении» не утихают до сих пор. Данный пример наглядно демонстрирует всю архаичность закона об уведомлении команд и пассажиров транспортных судов — не до того: «Топи их всех!»
За первым пущенным У-ботом на дно морским судном вскоре последовали другие корабли и транспорты противных Германии государств. Между 3 и 27 сентября (27 сентября вернулась в базу после первого боевого похода последняя «довоенная субмарина кригсмарине) люди Деница нанесли союзникам чувствительный урон. U-26 под командованием корветтенкапитана Эверта потопила три судна суммарным водоизмещением 17 414 т, U-27 корветтенкапитана Франца пустила на дно два судна водоизмещением суммарным 624 т, капитан-лейтенант Кунке со своей U-28 утопил одно судно водоизмещением 4955 т, корветтенкапитан Шухарт на U-29 потопил три корабля общим водоизмещением 19 405 (в том числе британский авианосец «Корейджес»), Лейтенант Лемп, помимо «Атении» потопил еще две плавединицы суммарным водоизмещением 9625 т. U-31 под командованием корветтенкапитана Хабексота пустила на дно две единицы суммарным тоннажем 8706. U-32 корветтенкапитана Бюхеля — два судна общим водоизмещением 5738 т. Корветтенкапитан фон Дриски на U-33 отличился, утопив три судна общим водоизмещением 5914 т. U-34 под командованием корветтенкапитана Роллмана потопила два судна общим водоизмещением 11 357 т, третий транспорт был захвачен в качестве приза. Корветтенкапитан Лотт на U-35 потопил четыре судна суммарным тоннажем 7 850 т и повредил еще один транспорт. U-53 корветтенкапитана Хейнике записала на свой счет два парохода суммарным водоизмещением 14 018 т.
Лодки 7-й флотилии в первые дни войны также отличились: U-38 корветтенкапитана Лейбе потопила два судна общим водоизмещением 16 698 т; U-41 лейтенанта Мюглера взяла два приза суммарным водоизмещением 2 172 т; U-48 корветтенкапитана Шульца пустила на дно три плавединицы суммарным водоизмещением 14 777 т.
Свои пять копеек в копилку первого успеха внесли прибрежные лодки II серии. Корветтенкапитан Шепке на U-3 потопил два судна общим водоизмещением 2348 т, U-4 под командованием корветтенкапитана старины фон Клота-Хейденфельдта потопила три судна общей массой в 5133 т. U-6 корветтенкапитана Вейнгартнера потопила один шип водоизмещением 3378 т. U-7 корветтенкапитана Хейнделя — три шипа водоизмещением 5892 т; U-36 корветтенкапитана Фпрхлиха — два транспорта суммарным водоизмещением 2813 т. U-14 под командованием корветтенкапитана Вельнера 3 сентября атаковала польскую субмарину «Збик». Лодки U-13, U-15, U-16 и U-17 выставили магнитные мины в прибрежных водах Британских островов с целью воспрепятствовать судоходству в Британском канале.
Несколько У-ботов выполняли специальные задания по поиску кораблей британского военного флота и отслеживали выход неприятельских кораблей из их баз. U-12. U-15, U-16 и U-17 патрулировали в районе Великой рыболовной банки Северного моря. U-9 и U-19 находились на позициях восточнее побережья Шотландии, в то время как U-20 ушла к Норвегии с целью перехвата и утопления любых британских судов в принорвежских водах. Вышеозначенные лодки не потопили британских кораблей, но от них этого по большому счету и не требовалось. Свою задачу слежения за кораблями ВМС Великобритании они выполнили с честью.
К середине сентября 1939 г. большинство развернутых в море У-ботов исчерпали запас автономности. Торпеды были израсходованы, запасы топлива подходили к концу. У-боты направились в свои базы. U- 30, последняя субмарина «первой волны» вернулась в Вильгельмсхафен на одном дизеле 27 сентября 1939 г. Все лодки потопили 39 судов и кораблей противника. Общее водоизмещение потопленных плавсредств, по мнению Деница, составляло более 150 000 т. И это всего меньше чем за первый месяц войны! Из боевых походов не вернулось две лодки: U39 была потоплена 14 сентября, U-27 — 22 сентября.
Ущерб, нанесенный У-ботами в первые недели войны, вызвал озабоченность в кругах британского Адмиралтейства. Перед войной англичане были убеждены в том, что с помощью Асдика они ликвидируют угрозу из-под воды. Первые атаки У-ботов показали, что использование Асдика всех проблем не решает. Вообще, как показали дальнейшие события, лучшим наступательным средством для борьбы с У-ботами оказался танк Т-34. Ну а тогда, в 1939 г., британские адмиралы об этом ничего не знали и озаботились контрмерами против У-ботов. В первую очередь следовало защитить транспорты кораблями охранения. 3 сентября Великобритания объявила о морской блокаде Германии и о том, что любая обнаруженная германская подводная лодка будет беспощадно уничтожаться. Британия также обратилась за помощью к США. Официально северо-Американские Соединенные штаты оставались нейтральной стороной, но с началом войны Вашингтон тайно и явно стал оказывать помощь Лондону.
В поддержку британцев американцы организовали с 12 сентября в Атлантике так называемый «Нейтральный патруль». Нейтральный патруль призван был гарантировать безопасность мореплавания для судов нейтральных стран. На самом деле корабли военного флота США занимались поиском У-ботов. Американцы не забыли предупредить Берлин о том, что ошибочная атак корабля флота США будет считаться актом войны и немедленно приведет к ее объявлению. Наконец британское адмиралтейство ввело систему конвоев, первый трансатлантический конвой вышел с Ямайки курсом на Британские острова 15 сентября 1939 г.
Далее, британские адмиралы усилили патрулирование Атлантики с моря и с воздуха в поисках германских субмарин. Дениц очень внимательно проанализировал результаты первых боевых походов У-ботов с целью дальнейшего повышения эффективности их действий. Очевидным стал факт слишком малых размеров субмарин II серии, в силу которых они никогда бы е смогли сравняться по эффективности с лодками VII серии. В результате все три судостроительных завода, занятых постройкой У-ботов, получил заказ на изготовление только лодок модернизированного VII проекта. Эти корабли получили обозначение тип VIIA. VIIB и VIIC. Их строили в огромных количествах: лодки вступали в строй еженедельно — Гудериан скрежетал зубами и постоянно бормотал «Доннерветгер!!! Мать твою…», Гудериан бывал в России и знал заветные слова.
У-боты новых проектов обладали большим водоизмещением, почему могли принять большие запасы расходуемых материалов, включая торпеды. Их автономность возросла. Также было усилено артиллерийское вооружение. В 1940 г. стандартным субмаринами кригемарине стали корабли типа VIIC, имевшие водоизмещение в 760 т, четыре носовых и один кормовой торпедных аппарата, 88-мм и две 20-мм зенитки. Экипаж лодки состоял из 44 мореманов, предельная глубина погружения — 120 м.
В ходе первых походов высветилась еще одна проблема: ненадежность торпед, которые взрывались далеко не всегда. Данный факт позволил одному советскому борзописцу в 70-е годы XX века назвать германские торпеды «деревянным мечом адмирала Деница». Кстати, друзья в шутку называли Деница «Ленинцем», на что адмирал сильно обижался и начинал учинять всяческие безобразия. Несколько британских судов получили попадания торпед, но торпеды не взорвались. Командиры и экипажи У-ботов рисковали жизнями, выходя в атаки только затем, чтобы постучать об обшивки транспортов оголовками торпед. Дениц поручил людям из торпедного инспекторатами немедленно озаботиться проблемой.
На момент начала войны на вооружении У-ботов состояли торпеды двух типов. Первая — диаметром 609 мм торпеда G7a, разработанная в 1926 г. В 1933 г. Германия приобрела в Норвегии патент на морскую торпеду «Хотен», в 1938 г. — в Италии патент на торпеду фирмы Уайтхед-Фиуме. На основе норвежского и итальянского патентов была сконструирована торпеда с взрывателем ударного действия, способная отправить на дно транспорт, не имеющей конструктивной подводной защиты. Дальность хода торпеды G7a составляла 6 км, скорость — 44 узла. Высокая скорость торпеды давалась дорогой ценой. Винт торпеды G7a вращался сжатым воздухом, пузыри которого оставляли на поверхности пенистый след, демаскируя торпеду. В результате цель успевала уклониться от атаки. Не всегда, однако. Торпеды G7a германские подводники использовали с большим эффектом. Вторая стандартная германская торпеда, G7e, при длине 6 м и диаметре 609 мм шла на дальность 6 км со скоростью 30 узлов. Винт торпеды приводил в действие электромотор, который питался от свинцово-цинковой аккумуляторной батареи. Меньшая скорость торпеды G7e по сравнению с G7a компенсировалась ее малозаметностью — следа от торпеды на поверхности воды не было. При правильном использовании такие торпеды отличались экстремальной эффективностью. Противник обнаруживал торпеду только в момент взрыва.
Масса боевой части у обеих торпед составляла 304 кг. Боевая часть комплектовалась контактным взрывателем или новым магнитным детонатором. Контактный взрыватель срабатывал при ударе головной части торпеды о корпус корабля-цели. Магнитный взрыватель активизировало создаваемое кораблем-целью магнитное поле, в этом случае торпеда чаще всего находилось под кораблем, поэтому взрыв торпеды происходил под килем, что причиняло кораблю гораздо большие разрушения, чем взрыв у борта.
После изучения особенностей торпед, люди из торпедного инспектората пришли к выводу, что реально торпеда идет на глубине примерно на 30 см большей, чем глубина, установленная торпедистами перед пуском. В результате повышалось вероятность прохождения торпеды под килем корабля или судна. С таким выводом не согласился ряд командиров У-ботов, акустики которых слышали удары торпед о корпуса судов, но не фиксировали взрывов.